نام (NAME)

obfit — انطباق دو مولکول بر مبنای یک الگو

خلاصه دستور (SYNOPSIS)

obfit SMARTS-pattern fixed-file outfile

توضیحات (DESCRIPTION)

دو مولکول را با استفاده از برازش کواترنیون (quaternion fit) بر روی یکدیگر منطبق می‌کند. اتم‌های به‌کاررفته برای انطباق دو مولکول توسط SMARTS-pattern تعیین‌شده توسط کاربر مشخص می‌شوند. این برنامه برای هم‌تراز کردن مجموعه‌های هم‌خانواده از مولکول‌ها بر روی یک داربست ساختاری مشترک جهت مطالعات 3D-QSAR مفید است. همچنین می‌تواند برای نمایش نتایج تولید صورت‌بندی (conformation) کاربرد داشته باشد.

هر مولکولی که با SMARTS-pattern ارائه‌شده هم‌خوانی داشته باشد، دوران داده شده و انتقال می‌یابد تا کمترین RMSD ممکن میان نواحی منطبق به دست آید. اگر مولکولی با SMARTS-pattern, مطابقت نداشته باشد، بدون هیچ‌گونه تبدیلی در خروجی نوشته خواهد شد.

مثال‌ها (EXAMPLES)

هم‌تراز کردن تمام مولکول‌های موجود در 'testmv.sdf' بر روی یک مولکول واحد از 'testref.sdf' از طریق انطباق آن‌ها بر روی بخش N-methylpiperidyl آن (و ارسال یک فایل SD جدید به خروجی استاندارد):

obfit
  '[nh]1c2c(=O)n(C)c(=O)n(C)c2cc1' testref.sdf testmv.sdf

همچنین ببینید (SEE ALSO)

obabel(1), obchiral(1), obgrep(1), obrotate(1).

صفحات وب Open Babel در این آدرس در دسترس است: https://openbabel.org

راهنمای ساخت الگوهای SMARTS را می‌توانید در نشانی زیر بیابید: https://www.daylight.com/dayhtml/doc/theory/theory.smarts.html

نویسندگان (AUTHORS)

برنامهٔ obfit توسط Fabien Fontaine ارائه شده است.

پروژهٔ Open Babel توسط افراد زیادی توسعه داده شده است، از جمله نگهدارندگان فعلی Geoff Hutchison, Chris Morley, Michael Banck, و افراد بی‌شمار دیگری که در ارائهٔ اصلاحات و افزونه‌ها مشارکت کرده‌اند. برای مشاهدهٔ سایر مشارکت‌کنندگان در Open Babel، به پیوند زیر مراجعه کنید: https://openbabel.org/docs/Introduction/thanks.html

کپی‌رایت و تکثیر (COPYRIGHT)

این برنامه یک نرم‌افزار آزاد است؛ شما می‌توانید آن را تحت شرایط نسخهٔ ۲ «پروانه عمومی همگانی گنو» (GNU General Public License) که توسط بنیاد نرم‌افزار آزاد منتشر شده است، بازتوزیع کرده و/یا تغییر دهید.

این برنامه به این امید که مفید باشد توزیع شده است، اما بدون هرگونه ضمانت؛ حتی بدون ضمانت ضمنی «قابل فروش بودن» یا «مناسب بودن برای یک هدف خاص». برای جزئیات بیشتر به پروانه عمومی همگانی گنو مراجعه کنید.