OBFIT(1)                 General Commands Manual (urm)                OBFIT(1)

<?><?><?> (NAME)
     obfit - <?><?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?>
     <?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?>

<?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> (SYNOPSIS)
     obfit SMARTS-pattern fixed-file outfile

<?><?><?><?><?><?><?> (DESCRIPTION)
     <?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?> <?><?> <?><?><?><?><?><?><?> <?><?>
     <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?> (quaternion fit) <?><?>
     <?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?>.
     <?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?> SMARTS-pattern
     <?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?><?>.  <?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?>
     <?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?>
     <?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?> 3D-QSAR <?><?><?><?> <?><?><?>.
     <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?>
     (conformation) <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?>.

     <?><?> <?><?><?><?><?><?><?> <?><?> <?><?> SMARTS-pattern
     <?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?> <?>
     <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?><?> RMSD
     <?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?>
     <?><?><?> <?><?><?>.  <?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?> <?><?>
     SMARTS-pattern, <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?>
     <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?>.

<?><?><?><?><?><?><?> (EXAMPLES)
     <?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?> 'testmv.sdf' <?><?>
     <?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?> 'testref.sdf'
     <?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?>
     <?><?><?> N-methylpiperidyl <?><?> (<?> <?><?><?><?><?> <?><?>
     <?><?><?><?> SD <?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?><?><?><?>):

           obfit '[nh]1c2c(=O)n(C)c(=O)n(C)c2cc1' testref.sdf testmv.sdf

<?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> (SEE ALSO)
     obabel(1), obchiral(1), obgrep(1), obrotate(1).

     <?><?><?><?><?> <?><?> Open Babel <?><?> <?><?><?> <?><?><?><?> <?><?>
     <?><?><?><?><?> <?><?><?>: <https://openbabel.org>

     <?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?> SMARTS <?><?>
     <?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?>:
     <https://www.daylight.com/dayhtml/doc/theory/theory.smarts.html>

<?><?><?><?><?><?><?><?><?> (AUTHORS)
     <?><?><?><?><?><?><?> obfit <?><?><?><?> Fabien Fontaine <?><?><?><?><?>
     <?><?><?> <?><?><?>.

     <?><?><?><?><?><?> Open Babel <?><?><?><?> <?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?> <?><?><?><?>
     <?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?> Geoff
     Hutchison, Chris Morley, Michael Banck, <?> <?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?> <?><?> <?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?><?> <?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?><?><?>.  <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?> Open
     Babel<?> <?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?> <?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?>: <https://openbabel.org/docs/Introduction/thanks.html>

<?><?><?><?><?><?><?><?> <?> <?><?><?><?><?> (COPYRIGHT)
     <?><?> <?><?><?> (C) 1998-2001 <?><?><?><?><?> <?><?> OpenEye Scientific
     Software, Inc.
     <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?> (C)
     2001-2007 <?><?><?><?><?> <?><?> Geoffrey R. Hutchison <?> <?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?>.

     <?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?>
     <?><?> <?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?> <<<?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?>>> (GNU General Public
     License) <?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?> <?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?>/<?><?> <?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?>.

     <?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?> <?><?><?><?> <?><?>
     <?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?> <?><?><?><?>
     <?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?>
     <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <<<?><?><?><?> <?><?><?><?>
     <?><?><?><?>>> <?><?> <<<?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?>
     <?><?><?> <?><?><?>>>.  <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?>
     <?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?>.

Open Babel 3.2                   May 26, 2026                   Open Babel 3.2