نام (NAME)

obrms — محاسبه RMSD اتم‌های سنگین میان دو ساختار شیمیایی یکسان

خلاصه دستور (SYNOPSIS)

obrms [-fmxso] filename1 filename2

توضیحات (DESCRIPTION)

مقدار RMSD اتم‌های سنگین ساختارهای ترکیبی یکسان را محاسبه می‌کند. ساختارها در فایل‌های حاوی چند ساختار به صورت یکی‌یکی با یکدیگر مقایسه می‌شوند مگر آنکه گزینه --firstonly داده شود، که در این صورت تنها از نخستین ساختار موجود در فایل مرجع استفاده خواهد شد.

گزینه‌ها (OPTIONS)

-f, --firstonly

تنها از نخستین ساختار در فایل مرجع استفاده می‌کند (در غیر این صورت، n-امین مولکول در فایل مرجع با n-امین مولکول در فایل آزمون مقایسه می‌شود).

-m, --minimize

حداقل RMSD قابل دستیابی را با اعمال یک تبدیل جسم صلب (rigid-body) بر مولکول آزمون محاسبه می‌کند.

-x, --cross

تمام n^2 مقدار RMSD را میان مولکول‌های فایل مرجع محاسبه می‌کند. فایل آزمون نادیده گرفته می‌شود.

-s, --separate

فایل مرجع را به مولکول‌های سازنده آن (قطعات جدا از هم) تفکیک کرده و بهترین RMSD را گزارش می‌کند.

-t t, --timeout t

پس از سپری شدن تعداد ثانیه‌های مشخص‌شده، از تطبیق صرف‌نظر می‌کند.

-o file, --out file

خروجی ساختار آزمون با جهت‌گیری مجدد (همراه با -m به‌کار می‌رود).

مثال‌ها (EXAMPLES)

محاسبه RMSD بین ref.sdf و test.sdf. هر دو فایل باید تعداد مولکول‌های یکسانی داشته باشند.

محاسبه RMSD بین نخستین مولکول در ref.sdf و تک‌تک مولکول‌های موجود در test.sdf.

همچنین ببینید (SEE ALSO)

obfit(1).

صفحات وب Open Babel را می‌توانید در نشانی زیر بیابید: https://openbabel.org

نویسندگان (AUTHORS)

پروژه Open Babel توسط گروه کثیری از افراد توسعه داده شده است، از جمله نگه‌دارندگان فعلی: Geoff Hutchison, Chris Morley, Michael Banck, و افراد بی‌شمار دیگری که در ارسال اصلاحیه‌ها و افزودن ویژگی‌ها مشارکت داشته‌اند. برای مشاهده مشارکت‌کنندگان بیشتر Open Babel، ببینید: https://openbabel.org/docs/Introduction/thanks.html

حق نشر (COPYRIGHT)

حق نشر (C) ۱۹۹۸-۲۰۰۱ متعلق به OpenEye Scientific Software, Inc.
برخی بخش‌ها دارای حق نشر (C) ۲۰۰۱-۲۰۰۷ متعلق به Geoffrey R. Hutchison و سایر مشارکت‌کنندگان است.

این برنامه یک نرم‌افزار آزاد است؛ شما می‌توانید آن را تحت شرایط پروانه عمومی همگانی گنو (GNU GPL) منتشرشده توسط بنیاد نرم‌افزارهای آزاد، نگارش ۲، بازتوزیع کرده یا اصلاح نمایید.

این برنامه به این امید توزیع شده است که سودمند باشد، اما فاقد هر گونه ضمانت است؛ حتی بدون ضمانت ضمنی قابلیت فروش یا تناسب با یک هدف مشخص. برای جزئیات بیشتر به پروانه عمومی همگانی گنو مراجعه فرمایید.