OBRMS(1)                 General Commands Manual (urm)                OBRMS(1)

<?><?><?> (NAME)
     obrms - <?><?><?><?><?><?> RMSD <?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?>

<?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> (SYNOPSIS)
     obrms [-fmxso] filename1 filename2

<?><?><?><?><?><?><?> (DESCRIPTION)
     <?><?><?><?><?> RMSD <?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?>
     <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?>.  <?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?>
     <?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?>
     <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?> <?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?> --firstonly <?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?> <?><?>
     <?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?>.

<?><?><?><?><?><?><?><?> (OPTIONS)
     -f, --firstonly
           <?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?>
           <?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?>
           (<?><?> <?><?><?> <?><?><?> <?><?><?><?><?> n-<?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?>
           n-<?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?>).

     -m, --minimize
           <?><?><?><?><?> RMSD <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?> <?><?>
           <?><?> <?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?> <?><?><?>
           (rigid-body) <?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?>.

     -x, --cross
           <?><?><?><?> n^2 <?><?><?><?><?> RMSD <?><?> <?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?>. <?><?><?><?> <?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?>.

     -s, --separate
           <?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?> <?><?>
           <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?>
           (<?><?><?><?><?> <?><?><?> <?><?> <?><?>) <?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?> <?> <?><?><?><?><?><?> RMSD <?><?> <?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?><?>.

     -t t, --timeout t
           <?><?> <?><?> <?><?><?><?> <?><?><?> <?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?>
           <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?>.

     -o file, --out file
           <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?>
           <?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?> (<?><?><?><?><?> <?><?> -m
           <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?>).

<?><?><?><?><?><?><?> (EXAMPLES)
           obrms ref.sdf test.sdf

     <?><?><?><?><?><?> RMSD <?><?><?> ref.sdf <?> test.sdf. <?><?> <?><?>
     <?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?>.
           obrms -f ref.sdf test.sdf

     <?><?><?><?><?><?> RMSD <?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?>
     <?><?> ref.sdf <?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?> <?><?> test.sdf.

<?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> (SEE ALSO)
     obfit(1).

     <?><?><?><?><?> <?><?> Open Babel <?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?>
     <?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?> <?><?><?><?><?><?>:
     <https://openbabel.org>

<?><?><?><?><?><?><?><?><?> (AUTHORS)
     <?><?><?><?><?> Open Babel <?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?>
     <?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?>
     <?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?>: Geoff Hutchison, Chris Morley, Michael Banck, <?>
     <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?> <?><?>
     <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?> <?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?>.
     <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> Open Babel<?>
     <?><?><?><?><?><?>: <https://openbabel.org/docs/Introduction/thanks.html>

<?><?> <?><?><?> (COPYRIGHT)
     <?><?> <?><?><?> (C) <?><?><?><?>-<?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?>
     OpenEye Scientific Software, Inc.
     <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?> (C)
     <?><?><?><?>-<?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?> Geoffrey R. Hutchison
     <?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?>.

     <?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?>
     <?><?> <?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?> <?><?><?> (GNU GPL) <?><?><?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?>.

     <?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?> <?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?> <?><?><?> <?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?> <?><?><?> <?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?>
     <?><?> <?><?> <?><?><?> <?><?><?><?>. <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?> <?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?>.

Open Babel 3.2                   May 26, 2026                   Open Babel 3.2