.Dd May 26, 2026
.Dt OBRMS 1 URM
.Os "Open Babel" 3.2
.Sh "نام (NAME)"
.Nm obrms
.Nd محاسبه RMSD اتم‌های سنگین میان دو ساختار شیمیایی یکسان
.Sh "خلاصه دستور (SYNOPSIS)"
.Nm
.Op -fmxso
.Ar filename1
.Ar filename2
.Sh "توضیحات (DESCRIPTION)"
مقدار RMSD اتم‌های سنگین ساختارهای ترکیبی یکسان را محاسبه می‌کند.
ساختارها در فایل‌های حاوی چند ساختار به صورت یکی‌یکی با یکدیگر مقایسه می‌شوند مگر آنکه گزینه
.Fl -firstonly
داده شود، که در این صورت تنها از نخستین ساختار موجود در فایل مرجع استفاده خواهد شد.
.Sh "گزینه‌ها (OPTIONS)"
.Bl -tag -width flag
.It Fl f , -firstonly
تنها از نخستین ساختار در فایل مرجع استفاده می‌کند (در غیر این صورت، n\-امین مولکول در فایل مرجع با n\-امین مولکول در فایل آزمون مقایسه می‌شود).
.It Fl m , -minimize
حداقل RMSD قابل دستیابی را با اعمال یک تبدیل جسم صلب (rigid\-body) بر مولکول آزمون محاسبه می‌کند.
.It Fl x , -cross
تمام n\(ha2 مقدار RMSD را میان مولکول‌های فایل مرجع محاسبه می‌کند. فایل آزمون نادیده گرفته می‌شود.
.It Fl s , -separate
فایل مرجع را به مولکول‌های سازنده آن (قطعات جدا از هم) تفکیک کرده و بهترین RMSD را گزارش می‌کند.
.It Fl t Ar t , Fl -timeout Ar t
پس از سپری شدن تعداد ثانیه‌های مشخص‌شده، از تطبیق صرف‌نظر می‌کند.
.It Fl o Ar file , Fl -out Ar file
خروجی ساختار آزمون با جهت‌گیری مجدد (همراه با
.Fl m
به‌کار می‌رود).
.El
.Sh "مثال‌ها (EXAMPLES)"
.Dl "obrms ref.sdf test.sdf"
.Pp
محاسبه RMSD بین ref.sdf و test.sdf. هر دو فایل باید تعداد مولکول‌های یکسانی داشته باشند.
.Dl "obrms -f ref.sdf test.sdf"
.Pp
محاسبه RMSD بین نخستین مولکول در ref.sdf و تک‌تک مولکول‌های موجود در test.sdf.
.Sh "همچنین ببینید (SEE ALSO)"
.Xr obfit 1 .
.Pp
صفحات وب Open Babel را می‌توانید در نشانی زیر بیابید:
\%<\fBhttps://openbabel.org\fR>
.Sh "نویسندگان (AUTHORS)"
.An -nosplit
پروژه Open Babel توسط گروه کثیری از افراد توسعه داده شده است، از جمله نگه‌دارندگان فعلی:
.An Geoff Hutchison ,
.An Chris Morley ,
.An Michael Banck ,
و افراد بی‌شمار دیگری که در ارسال اصلاحیه‌ها و افزودن ویژگی‌ها مشارکت داشته‌اند.
برای مشاهده مشارکت‌کنندگان بیشتر Open Babel، ببینید:
\%<\fBhttps://openbabel.org/docs/Introduction/thanks.html\fR>
.Sh "حق نشر (COPYRIGHT)"
حق نشر (C) ۱۹۹۸\-۲۰۰۱ متعلق به OpenEye Scientific Software, Inc.
.br
برخی بخش‌ها دارای حق نشر (C) ۲۰۰۱\-۲۰۰۷ متعلق به Geoffrey R. Hutchison و سایر مشارکت‌کنندگان است.
.Pp
این برنامه یک نرم‌افزار آزاد است؛ شما می‌توانید آن را تحت شرایط پروانه عمومی همگانی گنو (GNU GPL) منتشرشده توسط بنیاد نرم‌افزارهای آزاد، نگارش ۲، بازتوزیع کرده یا اصلاح نمایید.
.Pp
این برنامه به این امید توزیع شده است که سودمند باشد، اما فاقد هر گونه ضمانت است؛ حتی بدون ضمانت ضمنی قابلیت فروش یا تناسب با یک هدف مشخص. برای جزئیات بیشتر به پروانه عمومی همگانی گنو مراجعه فرمایید.