نام (NAME)

obminimize — بهینه‌سازی هندسه و کمینه‌سازی انرژی برای یک مولکول

خلاصه دستور (SYNOPSIS)

obminimize [OPTIONS] filename

توضیحات (DESCRIPTION)

ابزار obminimize می‌تواند برای کمینه‌سازی انرژی مولکول‌های درون فایل‌های (چند-)مولکولی (مانند MOL2 و غیره) به کار رود.

گزینه‌ها (OPTIONS)

اگر نام فایلی داده نشود، obminimize تمامی گزینه‌ها شامل میدان‌های نیروی موجود را نمایش می‌دهد.

-c criteria

تنظیم معیار همگرایی (پیش‌فرض=1e-6)

-cg

استفاده از الگوریتم گرادیان‌های مزدوج (Conjugate Gradients) (پیش‌فرض)

-sd

استفاده از الگوریتم نزول تند (Steepest Descent)

-newton

استفاده از جستجوی خطی Newton2Num (پیش‌فرض=Simple)

-ff forcefield

انتخاب میدان نیرو

-o format

انتخاب فرمت فایل خروجی

-h

افزودن اتم‌های هیدروژن

-n steps

تعیین حداکثر تعداد گام‌ها (پیش‌فرض=2500)

-cut

استفاده از حد قطع (cut-off) (پیش‌فرض=عدم استفاده از حد قطع)

-rvdw rvdw

تعیین فاصله حد قطع وان‌دروالس (VDW) (پیش‌فرض=6.0)

-rele rele

تعیین فاصله حد قطع الکترواستاتیک (Electrostatic) (پیش‌فرض=10.0)

-pf freq

تعیین بسامد به‌روزرسانی جفت‌های غیرپیوندی (پیش‌فرض=10)

مثال‌ها (EXAMPLES)

مشاهده گزینه‌های ممکن، شامل میدان‌های نیروی موجود:

کمینه‌سازی انرژی برای مولکول(ها) در فایل test.mol2:

کمینه‌سازی انرژی برای مولکول(ها) در فایل test.mol2 با استفاده از میدان نیروی Ghemical:

کمینه‌سازی انرژی برای مولکول(ها) در فایل test.mol2 با حداکثر ۳۰۰ گام بهینه‌سازی هندسه:

کمینه‌سازی انرژی برای مولکول(ها) در فایل test.mol2 با استفاده از الگوریتم نزول تند و معیار همگرایی 1e-5:

همچنین ببینید (SEE ALSO)

obabel(1), obenergy(1), obrotamer(1).

صفحات وب Open Babel را می‌توانید در نشانی زیر بیابید: https://openbabel.org

صفحات وب مربوط به مکانیک مولکولی Open Babel در نشانی زیر در دسترس است: https://openbabel.org/docs/Forcefields/Overview.html

نویسندگان (AUTHORS)

برنامه obminimize توسط Tim Vandermeersch ارائه شده است.

پروژه Open Babel توسط افراد بسیاری توسعه یافته است، از جمله نگه‌دارندگان فعلی: Geoff Hutchison, Chris Morley, Michael Banck, و افراد بی‌شمار دیگری که در رفع اشکالات و افزودن امکانات مشارکت داشته‌اند. برای مشاهده مشارکت‌کنندگان بیشتر Open Babel، ببینید: https://openbabel.org/docs/Introduction/thanks.html

حق نشر (COPYRIGHT)

حق نشر (C) 2007 متعلق به Tim Vandermeersch.

این برنامه یک نرم‌افزار آزاد است؛ شما می‌توانید آن را تحت شرایط «مجوز عمومی همگانی گنو» (GNU General Public License) همان‌طور که توسط بنیاد نرم‌افزار آزاد منتشر شده است (نسخه ۲ مجوز)، بازتوزیع کرده و/یا تغییر دهید.

این برنامه با این امید توزیع شده است که مفید باشد، اما بدون هرگونه ضمانت؛ حتی بدون ضمانت ضمنی قابلیت فروش یا مناسب بودن برای یک هدف خاص. برای جزئیات بیشتر به «مجوز عمومی همگانی گنو» مراجعه کنید.