.Dd May 26, 2026
.Dt OBMINIMIZE 1 URM
.Os "Open Babel" 3.2
.Sh "نام (NAME)"
.Nm obminimize
.Nd "بهینه‌سازی هندسه و کمینه‌سازی انرژی برای یک مولکول"
.Sh "خلاصه دستور (SYNOPSIS)"
.Nm
.Op Ar OPTIONS
.Ar filename
.Sh "توضیحات (DESCRIPTION)"
ابزار
.Nm
می‌تواند برای کمینه‌سازی انرژی مولکول‌های درون فایل‌های (چند\-)مولکولی (مانند MOL2 و غیره) به کار رود.
.Sh "گزینه‌ها (OPTIONS)"
اگر نام فایلی داده نشود،
.Nm
تمامی گزینه‌ها شامل میدان‌های نیروی موجود را نمایش می‌دهد.
.Bl -tag -width flag
.It Fl c Ar criteria
تنظیم معیار همگرایی (پیش‌فرض=1e\-6)
.It Fl cg
استفاده از الگوریتم گرادیان‌های مزدوج (Conjugate Gradients) (پیش‌فرض)
.It Fl sd
استفاده از الگوریتم نزول تند (Steepest Descent)
.It Fl newton
استفاده از جستجوی خطی Newton2Num (پیش‌فرض=Simple)
.It Fl ff Ar forcefield
انتخاب میدان نیرو
.It Fl o Ar format
انتخاب فرمت فایل خروجی
.It Fl h
افزودن اتم‌های هیدروژن
.It Fl n Ar steps
تعیین حداکثر تعداد گام‌ها (پیش‌فرض=2500)
.It Fl cut
استفاده از حد قطع (cut-off) (پیش‌فرض=عدم استفاده از حد قطع)
.It Fl rvdw Ar rvdw
تعیین فاصله حد قطع وان‌دروالس (VDW) (پیش‌فرض=6.0)
.It Fl rele Ar rele
تعیین فاصله حد قطع الکترواستاتیک (Electrostatic) (پیش‌فرض=10.0)
.It Fl pf Ar freq
تعیین بسامد به‌روزرسانی جفت‌های غیرپیوندی (پیش‌فرض=10)
.El
.Sh "مثال‌ها (EXAMPLES)"
مشاهده گزینه‌های ممکن، شامل میدان‌های نیروی موجود:
.Dl "obminimize"
.Pp
کمینه‌سازی انرژی برای مولکول(ها) در فایل test.mol2:
.Dl "obminimize test.mol2"
.Pp
کمینه‌سازی انرژی برای مولکول(ها) در فایل test.mol2 با استفاده از میدان نیروی Ghemical:
.Dl "obminimize -ff Ghemical test.mol2"
.Pp
کمینه‌سازی انرژی برای مولکول(ها) در فایل test.mol2 با حداکثر ۳۰۰ گام بهینه‌سازی هندسه:
.Dl "obminimize -n 300 test.mol2"
.Pp
کمینه‌سازی انرژی برای مولکول(ها) در فایل test.mol2 با استفاده از الگوریتم نزول تند و معیار همگرایی 1e\-5:
.Dl "obminimize -sd -c 1e-5 test.mol2"
.Sh "همچنین ببینید (SEE ALSO)"
.Xr obabel 1 ,
.Xr obenergy 1 ,
.Xr obrotamer 1 .
.Pp
صفحات وب Open Babel را می‌توانید در نشانی زیر بیابید:
\%<\fBhttps://openbabel.org\fR>
.Pp
صفحات وب مربوط به مکانیک مولکولی Open Babel در نشانی زیر در دسترس است:
\%<\fBhttps://openbabel.org/docs/Forcefields/Overview.html\fR>
.Sh "نویسندگان (AUTHORS)"
برنامه obminimize توسط
.An Tim Vandermeersch
ارائه شده است.
.Pp
.An -nosplit
پروژه Open Babel توسط افراد بسیاری توسعه یافته است، از جمله نگه‌دارندگان فعلی:
.An Geoff Hutchison ,
.An Chris Morley ,
.An Michael Banck ,
و افراد بی‌شمار دیگری که در رفع اشکالات و افزودن امکانات مشارکت داشته‌اند.
برای مشاهده مشارکت‌کنندگان بیشتر Open Babel، ببینید:
\%<\fBhttps://openbabel.org/docs/Introduction/thanks.html\fR>
.Sh "حق نشر (COPYRIGHT)"
حق نشر (C) 2007 متعلق به Tim Vandermeersch.
.Pp
این برنامه یک نرم‌افزار آزاد است؛ شما می‌توانید آن را تحت شرایط «مجوز عمومی همگانی گنو» (GNU General Public License) همان‌طور که توسط بنیاد نرم‌افزار آزاد منتشر شده است (نسخه ۲ مجوز)، بازتوزیع کرده و/یا تغییر دهید.
.Pp
این برنامه با این امید توزیع شده است که مفید باشد، اما بدون هرگونه ضمانت؛ حتی بدون ضمانت ضمنی قابلیت فروش یا مناسب بودن برای یک هدف خاص.
برای جزئیات بیشتر به «مجوز عمومی همگانی گنو» مراجعه کنید.