OBMINIMIZE(1)            General Commands Manual (urm)           OBMINIMIZE(1)

<?><?><?> (NAME)
     obminimize - <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?>
     <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?>
     <?><?><?><?><?><?>

<?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> (SYNOPSIS)
     obminimize [OPTIONS] filename

<?><?><?><?><?><?><?> (DESCRIPTION)
     <?><?><?><?><?> obminimize <?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?>
     (<?><?><?>-)<?><?><?><?><?><?><?> (<?><?><?><?><?> MOL2 <?> <?><?><?><?>)
     <?><?> <?><?><?> <?><?><?>.

<?><?><?><?><?><?><?><?> (OPTIONS)
     <?><?><?> <?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?>
     obminimize <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?>
     <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?>.

     -c criteria
           <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?>
           (<?><?><?><?><?><?><?>=1e-6)

     -cg   <?><?><?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> (Conjugate
           Gradients) (<?><?><?><?><?><?><?>)

     -sd   <?><?><?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?>
           <?><?><?> (Steepest Descent)

     -newton
           <?><?><?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?>
           Newton2Num (<?><?><?><?><?><?><?>=Simple)

     -ff forcefield
           <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?>

     -o format
           <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?>

     -h    <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?>

     -n steps
           <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?><?> (<?><?><?><?><?><?><?>=2500)

     -cut  <?><?><?><?><?><?><?> <?><?> <?><?> <?><?><?> (cut-off)
           (<?><?><?><?><?><?><?>=<?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?> <?><?>
           <?><?> <?><?><?>)

     -rvdw rvdw
           <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?>
           <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> (VDW) (<?><?><?><?><?><?><?>=6.0)

     -rele rele
           <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?>
           <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> (Electrostatic)
           (<?><?><?><?><?><?><?>=10.0)

     -pf freq
           <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?>
           (<?><?><?><?><?><?><?>=10)

<?><?><?><?><?><?><?> (EXAMPLES)
     <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?>:
           obminimize

     <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?>(<?><?>) <?><?> <?><?><?><?> test.mol2:
           obminimize test.mol2

     <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?>(<?><?>) <?><?> <?><?><?><?> test.mol2 <?><?>
     <?><?><?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> Ghemical:
           obminimize -ff Ghemical test.mol2

     <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?>(<?><?>) <?><?> <?><?><?><?> test.mol2 <?><?>
     <?><?><?><?><?><?> <?><?><?> <?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?>:
           obminimize -n 300 test.mol2

     <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?>(<?><?>) <?><?> <?><?><?><?> test.mol2 <?><?>
     <?><?><?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?>
     <?><?><?> <?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?> 1e-5:
           obminimize -sd -c 1e-5 test.mol2

<?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> (SEE ALSO)
     obabel(1), obenergy(1), obrotamer(1).

     <?><?><?><?><?> <?><?> Open Babel <?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?>
     <?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?> <?><?><?><?><?><?>:
     <https://openbabel.org>

     <?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?><?> Open Babel <?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?> <?><?>
     <?><?><?><?><?> <?><?><?>:
     <https://openbabel.org/docs/Forcefields/Overview.html>

<?><?><?><?><?><?><?><?><?> (AUTHORS)
     <?><?><?><?><?><?> obminimize <?><?><?><?> Tim Vandermeersch
     <?><?><?><?><?> <?><?><?> <?><?><?>.

     <?><?><?><?><?> Open Babel <?><?><?><?> <?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?>
     <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?>: Geoff
     Hutchison, Chris Morley, Michael Banck, <?> <?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?> <?><?> <?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?><?> <?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?>.  <?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?> Open Babel<?> <?><?><?><?><?><?>:
     <https://openbabel.org/docs/Introduction/thanks.html>

<?><?> <?><?><?> (COPYRIGHT)
     <?><?> <?><?><?> (C) 2007 <?><?><?><?><?> <?><?> Tim Vandermeersch.

     <?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?>
     <?><?> <?><?><?> <?><?><?><?><?> <<<?><?><?><?> <?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?> <?><?><?>>> (GNU General Public License)
     <?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?>
     <?><?><?> (<?><?><?><?> <?> <?><?><?><?>)<?> <?><?><?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?> <?>/<?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?>.

     <?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?> <?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?> <?><?><?> <?><?><?> <?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?>
     <?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?>
     <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?>
     <?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?> <?><?><?>
     <?><?><?>.  <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?>
     <<<?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?>>>
     <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?>.

Open Babel 3.2                   May 26, 2026                   Open Babel 3.2