نام (NAME)

obspectrophore — محاسبه‌گر اسپکتروفور

خلاصه دستور (SYNOPSIS)

obspectrophore [OPTIONS] -i input_file

obspectrophore [-u | -h]

توضیحات (DESCRIPTION)

obspectrophore می‌تواند برای تولید اسپکتروفورها (Spectrophores) استفاده شود؛ توصیف‌کننده‌هایی یک‌بعدی که از میدان‌های ویژگی پیرامون مولکول‌ها تولید می‌شوند. این فناوری امکان توصیف دقیق مولکول‌ها را از نظر ویژگی‌ها یا میدان‌های سطحی آن‌ها فراهم می‌کند. مقایسه میدان‌های ویژگی مولکول‌ها روشی پایدار و مستقل از ساختار را برای هم‌تراز کردن مولکول‌های فعال از رده‌های شیمیایی گوناگون فراهم می‌سازد. هنگام اعمال روی مولکول‌هایی همچون لیگاندها و داروها، اسپکتروفورها می‌توانند به عنوان توصیف‌کننده‌های مولکولی قدرتمند در حوزه‌های شیمی‌انفورماتیک (chemoinformatics)، غربالگری مجازی (virtual screening) و مدل‌سازی QSAR به کار روند.

گزینه‌ها (OPTIONS)

-i file: فایل ورودی مولکولی را مشخص می‌کند که اسپکتروفورها باید از آن محاسبه شوند. نوع فایل به صورت خودکار از روی پسوند فایل تشخیص داده می‌شود.
-n value: نوع نرمال‌سازی مورد نظر را مشخص می‌کند. مقادیر معتبر عبارتند از (بدون نقل‌قول): No (پیش‌فرض)، ZeroMean، UnitStd و ZeroMeanAndUnitStd.
-a value: دقت مورد نیاز را در قالب اندازه گام زاویه‌ای مشخص می‌کند. تنها مقادیر گسسته زیر مجاز هستند: 1 | 2 | 5 | 10 | 15 | 20 (default) | 30 | 36 | 45 | 60
-s value: نوع قفس‌هایی (cages) را که باید بر حسب گروه نقطه‌ای پایه‌ای به کار روند مشخص می‌کند: P1 یا P-1. مقادیر معتبر عبارتند از (بدون نقل‌قول): No (پیش‌فرض)، Unique، Mirror و All.
-r value: تفکیک‌پذیری (resolution) مورد نیاز را به عنوان یک عدد حقیقی مثبت مشخص می‌کند. مقدار پیش‌فرض 3.0 آنگستروم است. مقادیر منفی یا مقدار برابر با صفر یک پیام خطا تولید می‌کنند.
-u: نمایش جزئیات پیاده‌سازی.
-h: نمایش پیام راهنما.

همچنین ببینید (SEE ALSO)

obabel(1).

صفحات وب Open Babel در نشانی زیر در دسترس هستند: https://openbabel.org

نویسندگان (AUTHORS)

پروژه Open Babel توسط افراد بسیاری توسعه یافته است، از جمله نگه‌دارندگان فعلی: Geoff Hutchison, Chris Morley, Michael Banck, و افراد بی‌شمار دیگری که در ارائه اصلاحات و افزوده‌ها مشارکت داشته‌اند. برای مشاهده سایر مشارکت‌کنندگان در Open Babel به نشانی زیر مراجعه کنید: https://openbabel.org/docs/Introduction/thanks.html

حق نشر (COPYRIGHT)

این برنامه یک نرم‌افزار آزاد است؛ شما می‌توانید آن را تحت شرایط پروانه عمومی همگانی گنو (GNU General Public License) همان‌طور که توسط بنیاد نرم‌افزارهای آزاد منتشر شده است (نسخه ۲ پروانه)، بازتوزیع کرده و/یا تغییر دهید.

الگوریتم این نرم‌افزار تحت پوشش حق امتیاز اختراع WO2009146735 قرار دارد. با این حال، شرکت Silicos NV و مخترعان حق امتیاز اختراع فوق‌الذکر اطمینان می‌دهند که هیچ ادعایی مبنی بر نقض حق اختراع علیه افراد یا نهادهایی که از این نرم‌افزار تحت پروانه عمومی همگانی گنو استفاده کنند، مطرح نخواهد شد.

این برنامه با این امید توزیع شده است که مفید واقع شود، اما بدون هرگونه ضمانت؛ حتی بدون ضمانت ضمنی قابل فروش بودن یا مناسب بودن برای یک هدف خاص. برای جزئیات بیشتر به پروانه عمومی همگانی گنو مراجعه کنید.