نام (NAME)

obrotate — چرخش دسته‌ای زاویه‌های دووجهی منطبق بر الگوهای SMARTS

خلاصه دستور (SYNOPSIS)

obrotate SMARTS-pattern filename atom1 atom2 atom3 atom4 angle

توضیحات (DESCRIPTION)

برنامه obrotate زاویه پیچشی (دووجهی یا dihedral) یک پیوند مشخص‌شده در مولکول‌ها را به مقدار تعیین‌شده توسط کاربر می‌چرخاند. به عبارت دیگر، عملکردی مشابه تنظیم دستی زاویه توسط کاربر در یک بسته مدل‌سازی مولکولی دارد، اما با سرعتی بسیار بیشتر و در حالت دسته‌ای (یعنی بر روی چندین مولکول در یک فایل).

چهار شناسه اتم مورد نیاز، نمایه‌هایی در الگوی SMARTS هستند که شمارش آن‌ها از اتم ۰ (صفر) آغاز می‌شود. زاویه ارائه‌شده بر حسب درجه است. دو اتم استفاده‌شده برای تنظیم زاویه دووجهی، یعنی atom1 و atom4 نیازی نیست به هیچ شکلی به اتم‌های پیوند، یعنی atom2 و atom3 متصل باشند.

ترتیب اتم‌ها اهمیت دارد — بخشی از مولکول که به atom1 و atom2 متصل است ثابت می‌ماند، اما بخشی که به atom3 و atom4 پیوند دارد حرکت می‌کند.

مثال‌ها (EXAMPLES)

فرض کنید می‌خواهید صورت‌بندی (conformation) تعداد زیادی مولکول با داربست پیریدیل را که در موقعیت ۳- با یک زنجیره آلیفاتیک جایگزین شده‌اند، مثلاً به منظور داکینگ یا اهداف 3D-QSAR تعیین کنید.

برای تنظیم مقدار اولین زاویه دووجهی روی ۹۰ درجه:

obrotate 'c1ccncc1CCC' pyridines.sdf
  5 6 7 8 90

در اینجا ۶ و ۷ پیوند مورد چرخش در الگوی SMARTS (یعنی c1-C) را مشخص می‌کنند و اتم‌های ۵ و ۸ زاویه دووجهی مشخص برای چرخش را تعیین می‌کنند.

از آنجا که اتم‌های تعیین‌کننده زاویه دووجهی نیازی به اتصال مستقیم ندارند، می‌توان از نیتروژن موجود در پیریدین استفاده کرد:

obrotate 'c1ccncc1CCC' pyridines.sdf
  4 6 7 8 90

حلقه پیریدیل را ثابت نگه می‌دارد و زنجیره آلیفاتیک را حرکت می‌دهد:

obrotate 'c1ccncc1CCC' pyridines.sdf
  5 6 7 8 90

زنجیره آلیفاتیک را ثابت نگه می‌دارد و حلقه پیریدیل را حرکت می‌دهد:

obrotate 'c1ccncc1CCC' pyridines.sdf
  8 7 6 5 90

همچنین ببینید (SEE ALSO)

obabel(1), obchiral(1), obfit(1), obgrep(1), obprop(1).

صفحات وب Open Babel در نشانی زیر در دسترس است: https://openbabel.org

راهنمایی برای ساخت الگوهای SMARTS در نشانی زیر قابل مشاهده است: https://www.daylight.com/dayhtml/doc/theory/theory.smarts.html

نویسندگان (AUTHORS)

برنامه obgrep توسط Fabien Fontaine ارائه شده است.

پروژه Open Babel توسط گروه بزرگی از افراد توسعه یافته است، از جمله نگه‌دارندگان فعلی: Geoff Hutchison, Chris Morley, Michael Banck, و افراد بی‌شمار دیگری که در ارائه اصلاحات و افزودن ویژگی‌ها مشارکت داشته‌اند. برای دیدن مشارکت‌کنندگان بیشتر در Open Babel، نگاه کنید به: https://openbabel.org/docs/Introduction/thanks.html

کپی‌رایت و تکثیر (COPYRIGHT)

حق نشر (C) ۱۹۹۸-۲۰۰۱ متعلق به OpenEye Scientific Software, Inc.
برخی بخش‌ها دارای حق نشر (C) ۲۰۰۱-۲۰۰۵ متعلق به Geoffrey R. Hutchison و سایر مشارکت‌کنندگان است.

این برنامه یک نرم‌افزار آزاد است؛ شما می‌توانید آن را تحت شرایط پروانه عمومی همگانی گنو (GNU General Public License) همان‌طور که توسط بنیاد نرم‌افزارهای آزاد منتشر شده است (نسخه ۲ پروانه)، بازتوزیع کرده یا تغییر دهید.

این برنامه به این امید توزیع شده است که مفید باشد، اما بدون هرگونه ضمانت؛ حتی بدون ضمانت ضمنی قابل فروش بودن یا مناسب بودن برای یک هدف خاص. برای جزئیات بیشتر به پروانه عمومی همگانی گنو مراجعه کنید.