نام (NAME)

obgrep — برنامه‌ای پیشرفته برای جستجوی مولکولی با استفاده از SMARTS

خلاصه دستور (SYNOPSIS)

obgrep [OPTIONS] SMARTS-pattern filename

توضیحات (DESCRIPTION)

ابزار obgrep می‌تواند برای جستجوی مولکول‌ها در فایل‌های پایگاه‌داده چندمولکولی (مانند SMILES، SDF و غیره) یا در میان چندین فایل استفاده شود.

گزینه‌ها (OPTIONS)

اگر فقط یک نام فایل داده شود، obgrep تلاش خواهد کرد نوع فایل را از روی پسوند نام فایل حدس بزند.

-c: چاپ تعداد تطابق‌ها
-f: تطابق کامل؛ چاپ مولکول‌های منطبق تنها زمانی که تعداد اتم‌های سنگین نیز برابر با تعداد اتم‌های موجود در SMARTS-pattern باشد
-i format: قالب ورودی و خروجی را مشخص می‌کند، برای مشاهده قالب‌های موجود به obabel(1) مراجعه کنید
-n: تنها چاپ نام مولکول‌ها
-t #: چاپ یک مولکول تنها در صورتی که الگو به تعداد # بار در مولکول وجود داشته باشد
-v: معکوس کردن تطابق، چاپ مولکول‌های غیرمنطبق

مثال‌ها (EXAMPLES)

توجه داشته باشید که در تمام مثال‌ها، الگوی SMARTS درون نقل‌قول‌های تکی '...' قرار گرفته است تا اطمینان حاصل شود توسط شل تغییر نمی‌یابد.

چاپ تمام مولکول‌های دارای یک گروه متیل‌آمین:

obgrep 'CN' database.smi

چاپ تمام مولکول‌های فاقد گروه متیل‌آمین:

obgrep -v 'CN'
  database.smi

چاپ تعداد مولکول‌های فاقد گروه متیل‌آمین:

obgrep -v -c 'CN'
  database.smi

چاپ متیل‌آمین (در صورت وجود در فایل):

obgrep -f 'CN'
  database.smi

چاپ متیل‌آمین و/یا متانول (در صورت وجود):

obgrep -f 'C[N,O]'
  database.smi

چاپ تمام مولکول‌های دارای کربن آروماتیک در تمام فایل‌های SMILES موجود در دایرکتوری (یعنی *.smi):

obgrep 'c' *.smi

همچنین ببینید (SEE ALSO)

obabel(1), obfit(1), obrotate(1).

صفحات وب Open Babel را می‌توانید در نشانی زیر بیابید: https://openbabel.org

راهنمای ساخت الگوهای SMARTS در نشانی زیر در دسترس است: https://www.daylight.com/dayhtml/doc/theory/theory.smarts.html

نویسندگان (AUTHORS)

برنامه obgrep توسط Fabien Fontaine ارائه شده است.

پروژه Open Babel توسط گروه کثیری از افراد توسعه داده شده است، از جمله نگهدارنده‌های فعلی Geoff Hutchison, Chris Morley, Michael Banck, و افراد بی‌شمار دیگری که اصلاحات و قابلیت‌هایی به آن افزوده‌اند. برای مشاهده مشارکت‌کنندگان بیشتر در Open Babel، به این نشانی مراجعه کنید: https://openbabel.org/docs/Introduction/thanks.html

کپی‌رایت و تکثیر (COPYRIGHT)

این برنامه یک نرم‌افزار آزاد است؛ شما می‌توانید آن را تحت شرایط مجوز عمومی همگانی گنو (GNU General Public License) همان‌طور که توسط بنیاد نرم‌افزارهای آزاد منتشر شده است (نسخه ۲ مجوز)، بازتوزیع کرده و/یا تغییر دهید.

این برنامه به این امید توزیع شده است که مفید باشد، اما بدون هیچ‌گونه ضمانتی؛ حتی بدون ضمانت ضمنی قابل فروش بودن یا مناسب بودن برای یک هدف خاص. برای جزئیات بیشتر به مجوز عمومی همگانی گنو مراجعه کنید.