OBGREP(1)                General Commands Manual (urm)               OBGREP(1)

<?><?><?> (NAME)
     obgrep - <?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?><?><?>
     <?><?> SMARTS

<?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> (SYNOPSIS)
     obgrep [OPTIONS] SMARTS-pattern filename

<?><?><?><?><?><?><?> (DESCRIPTION)
     <?><?><?><?><?> obgrep <?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?>
     <?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> (<?><?><?><?><?> SMILES<?> SDF <?>
     <?><?><?><?>) <?><?> <?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?>.

<?><?><?><?><?><?><?><?> (OPTIONS)
     <?><?><?> <?><?><?> <?><?> <?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?>
     <?><?><?><?> obgrep <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?> <?><?><?>
     <?><?><?><?> <?><?> <?><?> <?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?>
     <?><?><?><?> <?><?><?> <?><?><?><?>.

     -c    <?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?>

     -f    <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?>
           <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?> <?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?> SMARTS-pattern
           <?><?><?><?>

     -i format
           <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?> <?><?><?><?><?> <?><?>
           <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?> obabel(1)
           <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?>

     -n    <?><?><?><?> <?><?><?> <?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?>

     -t #  <?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?>
           <?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?> #
           <?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?>

     -v    <?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?>
           <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?>

<?><?><?><?><?><?><?> (EXAMPLES)
     <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?> <?><?> <?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> SMARTS <?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?> '...' <?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?> <?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?>
     <?><?><?> <?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?>.

     <?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?>
     <?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?>:
           obgrep 'CN' database.smi

     <?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?>
     <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?>:
           obgrep -v 'CN' database.smi

     <?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?>
     <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?>:
           obgrep -v -c 'CN' database.smi

     <?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?> (<?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?>
     <?><?> <?><?><?><?>):
           obgrep -f 'CN' database.smi

     <?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?>/<?><?> <?><?><?><?><?><?>
     (<?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?>):
           obgrep -f 'C[N,O]' database.smi
     <?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?><?><?> SMILES <?><?><?><?><?> <?><?>
     <?><?><?><?><?><?><?><?><?> (<?><?><?><?> *.smi):
           obgrep 'c' *.smi

<?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> (SEE ALSO)
     obabel(1), obfit(1), obrotate(1).

     <?><?><?><?><?> <?><?> Open Babel <?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?>
     <?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?> <?><?><?><?><?><?>:
     <https://openbabel.org>

     <?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?> SMARTS <?><?>
     <?><?><?><?><?> <?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?>:
     <https://www.daylight.com/dayhtml/doc/theory/theory.smarts.html>

<?><?><?><?><?><?><?><?><?> (AUTHORS)
     <?><?><?><?><?><?> obgrep <?><?><?><?> Fabien Fontaine <?><?><?><?><?>
     <?><?><?> <?><?><?>.

     <?><?><?><?><?> Open Babel <?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?>
     <?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?>
     <?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?> Geoff Hutchison, Chris Morley, Michael Banck, <?>
     <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?>
     <?><?><?><?><?><?><?> <?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?> <?><?>
     <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>.  <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?> Open
     Babel<?> <?><?> <?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?>: <https://openbabel.org/docs/Introduction/thanks.html>

<?><?><?><?><?><?><?><?> <?> <?><?><?><?><?> (COPYRIGHT)
     <?><?> <?><?><?> (C) 1998-2001 <?><?><?><?><?> <?><?> OpenEye Scientific
     Software, Inc.
     <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?> (C) 2001-2007
     <?><?><?><?><?> <?><?> Geoffrey R. Hutchison <?> <?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>.

     <?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?>
     <?><?> <?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?> <?><?><?> (GNU General Public License)
     <?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?>
     <?><?><?> <?><?><?> (<?><?><?><?> <?> <?><?><?><?>)<?>
     <?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?>/<?><?> <?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?>.

     <?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?> <?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?> <?><?><?> <?><?><?> <?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?>
     <?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?>
     <?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?>
     <?><?><?><?> <?><?> <?><?><?> <?><?><?>. <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?>.

Open Babel 3.2                   May 26, 2026                   Open Babel 3.2