نام (NAME)

obgen — تولید مختصات سه‌بعدی برای یک مولکول

خلاصه دستور (SYNOPSIS)

obgen [OPTIONS] filename

توضیحات (DESCRIPTION)

ابزار obgen مختصات سه‌بعدی را برای مولکول‌های موجود در یک فایل (مانند فایل‌های چندمولکولی SMILES) تولید می‌کند. ساختار حاصل با استفاده از میدان نیروی مشخص‌شده بهینه‌سازی می‌شود و با استفاده از جستجوی مونت‌کارلو برای یافتن کنفورمر با کمترین انرژی بررسی می‌گردد. خروجی با فرمت فایل SDF به خروجی استاندارد ارسال خواهد شد.

گزینه‌ها (OPTIONS)

اگر نام فایلی داده نشود، obgen تمامی گزینه‌ها شامل میدان‌های نیروی موجود را نمایش می‌دهد.

-ff forcefield

انتخاب میدان نیرو

محیط (ENVIRONMENT)

OB_RANDOM_SEED

هسته (seed) برای مولد اعداد شبه‌تصادفی؛ در صورت تنظیم نشدن یا خالی بودن، از هسته تصادفی استفاده می‌شود. این ویژگی در صورتی مؤثر است که Open Babel با پرچم پیش‌پردازنده -DOB_USE_OBRANDOMMT کامپایل شده باشد (هنگام انتشار نسخه ۴ به طور خودکار فعال خواهد شد).

مثال‌ها (EXAMPLES)

مشاهده گزینه‌های ممکن، شامل میدان‌های نیروی موجود:

تولید مختصات سه‌بعدی برای مولکول(ها) در فایل test.smi:

تولید مختصات سه‌بعدی برای مولکول(ها) در فایل test.smi با استفاده از میدان نیروی UFF:

همچنین ببینید (SEE ALSO)

obabel(1), obconformer(1), obminimize(1).

صفحات وب Open Babel را می‌توانید در نشانی زیر بیابید: https://openbabel.org

صفحات وب مربوط به مکانیک مولکولی Open Babel در نشانی زیر در دسترس است: https://openbabel.org/docs/Forcefields/Overview.html

نویسندگان (AUTHORS)

برنامه obgen توسط Tim Vandermeersch ارائه شده است.

پروژه Open Babel توسط افراد بسیاری توسعه یافته است، از جمله نگه‌دارندگان فعلی: Geoff Hutchison, Chris Morley, Michael Banck, و افراد بی‌شمار دیگری که در رفع اشکالات و افزودن امکانات مشارکت داشته‌اند. برای مشاهده مشارکت‌کنندگان بیشتر Open Babel، ببینید: https://openbabel.org/docs/Introduction/thanks.html

حق نشر (COPYRIGHT)

حق نشر (C) 2007-2008 متعلق به Tim Vandermeersch.

این برنامه یک نرم‌افزار آزاد است؛ شما می‌توانید آن را تحت شرایط «مجوز عمومی همگانی گنو» (GNU General Public License) همان‌طور که توسط بنیاد نرم‌افزار آزاد منتشر شده است (نسخه ۲ مجوز)، بازتوزیع کرده و/یا تغییر دهید.

این برنامه با این امید توزیع شده است که مفید باشد، اما بدون هرگونه ضمانت؛ حتی بدون ضمانت ضمنی قابلیت فروش یا مناسب بودن برای یک هدف خاص. برای جزئیات بیشتر به «مجوز عمومی همگانی گنو» مراجعه کنید.