نام (NAME)

obabel — مبدل فایل‌های داده‌های شیمی و مدل‌سازی مولکولی

خلاصه دستور (SYNOPSIS)

obabel -Hhelp-options obabel [OPTIONS] [-iinput-type | -:SMILES-string] infile [-ooutput-type] -Ooutfile

توضیحات (DESCRIPTION)

obabel برنامه‌ای چندسکویی است که برای تبدیل متقابل میان قالب‌های گوناگون فایل‌های مورد استفاده در مدل‌سازی مولکولی، شیمی محاسباتی و حوزه‌های مرتبط طراحی شده است.

پروژه Open Babel همچنین یک جعبه‌ابزار کامل برای برنامه‌نویسان جهت توسعه نرم‌افزارهای شیمی است. برای کسب اطلاعات بیشتر به وب‌سایت Open Babel مراجعه کنید: https://openbabel.org.

گزینه‌ها (OPTIONS)

اگر تنها فایل‌های ورودی و خروجی مشخص شوند، Open Babel نوع قالب را بر اساس پسوند نام فایل حدس خواهد زد.

-:SMILES-string

ورود رشته SMILES و استفاده از آن به جای یک فایل ورودی. ممکن است لازم باشد SMILES-string درون گیومه قرار گیرد تا توسط پوسته (shell) تفسیر نشود. می‌توان بیش از یک مورد را وارد کرد، و عنوان مولکول را نیز می‌توان در صورت قرار گرفتن در گیومه لحاظ نمود.

-aoptions

گزینه‌های ورودی وابسته به قالب. برای مشاهده گزینه‌های مجاز هر قالب، -Hformat-ID را ببینید.

--addtotitle

افزودن متن به انتهای عنوان مولکول جاری.

--addformula

افزودن فرمول مولکولی پس از عنوان مولکول جاری.

-b

تبدیل پیوندهای داتیو: برای نمونه، [N+]([O-])=O به N(=O)=O.

-c

قرار دادن مختصات اتمی در مرکز (0,0,0).

-C

ترکیب مولکول‌های موجود در فایل اول با مولکول‌های هم‌نام در فایل‌های دیگر.

-e

ادامه کار پس از بروز خطاها.

-d

حذف هیدروژن‌ها.

---errorlevel n

فیلتر کردن سطح خطاها و هشدارهای نمایش‌داده‌شده:
1 = فقط خطاهای بحرانی (critical)
2 = همراه با هشدارها (پیش‌فرض)
3 = همراه با پیام‌های اطلاع‌رسانی
4 = همراه با پیام‌های ثبت وقایع تغییر داده‌ها (audit log)
5 = همراه با پیام‌های اشکال‌زدایی (debugging)

-f #

برای ورودی‌های چندگانه، شروع درون‌ریزی از مولکول شماره # به عنوان نخستین ورودی.

-F

خروجی دادن انواع اثرانگشت‌های (fingerprint) دردسترس.

-h

افزودن هیدروژن‌ها.

-H

نمایش اطلاعات راهنما و نحوه استفاده.

-Hformat-ID

نمایش اطلاعات قالب‌بندی و گزینه‌های مربوط به قالب مشخص‌شده.

-Hall

نمایش اطلاعات قالب‌بندی و گزینه‌های مربوط به تمام قالب‌ها.

-iformat-ID

مشخص کردن قالب ورودی؛ قالب‌های موجود را در ادامه ببینید.

-j, --join

پیوستن تمام مولکول‌های ورودی در قالب یک رکورد مولکولی واحد در خروجی.

-k

ترجمه کلیدواژه‌های مدل‌سازی شیمی محاسباتی (مانند GAMESS و Gaussian).

-m

تولید چندین فایل خروجی، جهت امکان‌پذیر ساختن:

• تفکیک یک فایل ورودی — قرار دادن هر مولکول در فایل‌های خروجی دارای شماره متوالی.
• تبدیل دسته‌ای (batch) — تبدیل چندین فایل ورودی به یک قالب خروجی مشخص.

-l #

برای ورودی‌های چندگانه، توقف درون‌ریزی در مولکول شماره # به عنوان آخرین ورودی.

-oformat-ID

مشخص کردن قالب خروجی؛ قالب‌های موجود را در ادامه ببینید.

-Ooutfile

مشخص کردن فایل خروجی.

-p

افزودن هیدروژن‌های متناسب با مقدار pH (استفاده از تبدیلات در phmodel.txt).

--property

افزودن یا جایگزینی یک ویژگی (برای نمونه، در فایل MDL SD).

-s SMARTS

تبدیل تنها مولکول‌هایی که با الگوی SMARTS مشخص‌شده مطابقت دارند.

--separate

تفکیک قطعات گسسته به رکوردهای مولکولی مجزا.

-t

تمام فایل‌های ورودی توصیف‌کننده یک مولکول واحد هستند.

--title title

افزودن یا جایگزینی عنوان مولکول.

-xoptions

گزینه‌های خروجی وابسته به قالب. برای گزینه‌های مجاز هر قالب، -H format-ID را ببینید.

-v SMARTS

تبدیل تنها مولکول‌هایی که با الگوی SMARTS مشخص‌شده مطابقت ندارند.

-V

نمایش شماره نگارش و خروج.

-z

فشرده‌سازی خروجی با استفاده از gzip.

قالب‌های فایل (FILE FORMATS)

قالب‌های زیر در حال حاضر توسط Open Babel پشتیبانی می‌شوند:

• abinit — قالب خروجی ABINIT [فقط‌خواندنی]
• acesin — قالب ورودی ACES [فقط‌نوشتنی]
• acesout — قالب خروجی ACES [فقط‌خواندنی]
• acr — قالب ACR [فقط‌خواندنی]
• adf — قالب ورودی دکارتی ADF [فقط‌نوشتنی]
• adfband — قالب خروجی ADF Band [فقط‌خواندنی]
• adfdftb — قالب خروجی ADF DFTB [فقط‌خواندنی]
• adfout — قالب خروجی ADF [فقط‌خواندنی]
• alc — قالب Alchemy
• aoforce — قالب خروجی Turbomole AOFORCE [فقط‌خواندنی]
• arc — قالب CAR مربوط به Accelrys/MSI Biosym/Insight II [فقط‌خواندنی]
• ascii — قالب ASCII [فقط‌نوشتنی]
• axsf — قالب ساختار XCrySDen [فقط‌خواندنی]
• bgf — قالب MSI BGF
• box — قالب Dock 3.5 Box
• bs — قالب Ball and Stick
• c09out — قالب خروجی Crystal 09 [فقط‌خواندنی]
• c3d1 — قالب دکارتی Chem3D 1
• c3d2 — قالب دکارتی Chem3D 2
• cac — قالب CAChe MolStruct [فقط‌نوشتنی]
• caccrt — قالب دکارتی Cacao
• cache — قالب CAChe MolStruct [فقط‌نوشتنی]
• cacint — قالب داخلی Cacao [فقط‌نوشتنی]
• can — قالب کانونیکال SMILES
• car — قالب CAR مربوط به Accelrys/MSI Biosym/Insight II [فقط‌خواندنی]
• castep — قالب CASTEP [فقط‌خواندنی]
• ccc — قالب CCC [فقط‌خواندنی]
• cdjson — قالب دادودل شیمیایی ChemDoodle JSON
• cdx — قالب دودویی ChemDraw [فقط‌خواندنی]
• cdxml — قالب ChemDraw CDXML
• cht — قالب Chemtool [فقط‌نوشتنی]
• cif — فایل اطلاعات بلورنگاری (CIF)
• cjson — قالب JSON شیمیایی
• ck — قالب ChemKin
• cml — زبان نشانه‌گذاری شیمیایی (CML)
• cmlr — قالب واکنش‌های CML
• cof — قالب فایل شیء Culgi
• com — ورودی Gaussian [فقط‌نوشتنی]
• confabreport — قالب گزارش Confab [فقط‌نوشتنی]
• CONFIG — قالب DL-POLY CONFIG
• CONTCAR — قالب VASP
• CONTFF — قالب MDFF
• copy — کپی متن خام [فقط‌نوشتنی]
• crk2d — نمودار دوبعدی Chemical Resource Kit
• crk3d — قالب سه‌بعدی Chemical Resource Kit
• csr — قالب CSR مربوط به Accelrys/MSI Quanta [فقط‌نوشتنی]
• cssr — قالب CSD CSSR [فقط‌نوشتنی]
• ct — قالب جدول اتصال ChemDraw
• cub — قالب مکعب Gaussian
• cube — قالب مکعب Gaussian
• dallog — قالب خروجی DALTON [فقط‌خواندنی]
• dalmol — قالب ورودی DALTON
• dat — قالب عمومی فایل خروجی [فقط‌خواندنی]
• dmol — قالب مختصات DMol3
• dx — قالب مکعب OpenDX برای APBS
• ent — قالب بانک داده پروتئین (PDB)
• exyz — قالب مختصات دکارتی تعمیم‌یافته XYZ
• fa — قالب FASTA
• fasta — قالب FASTA
• fch — قالب فایل چک‌پوینت قالب‌بندی‌شده Gaussian [فقط‌خواندنی]
• fchk — قالب فایل چک‌پوینت قالب‌بندی‌شده Gaussian [فقط‌خواندنی]
• fck — قالب فایل چک‌پوینت قالب‌بندی‌شده Gaussian [فقط‌خواندنی]
• feat — قالب Feature
• fh — قالب ماتریس زد Fenske-Hall [فقط‌نوشتنی]
• fhiaims — قالب FHIaims XYZ
• fix — قالب SMILES FIX [فقط‌نوشتنی]
• fps — قالب متنی اثرانگشت FPS (دالکه) [فقط‌نوشتنی]
• fpt — قالب اثرانگشت (Fingerprint) [فقط‌نوشتنی]
• fract — قالب کسر فرم آزاد (Free Form Fractional)
• fs — قالب جستجوی سریع (Fastsearch)
• fsa — قالب FASTA
• g03 — خروجی Gaussian [فقط‌خواندنی]
• g09 — خروجی Gaussian [فقط‌خواندنی]
• g16 — خروجی Gaussian [فقط‌خواندنی]
• g92 — خروجی Gaussian [فقط‌خواندنی]
• g94 — خروجی Gaussian [فقط‌خواندنی]
• g98 — خروجی Gaussian [فقط‌خواندنی]
• gal — خروجی Gaussian [فقط‌خواندنی]
• gam — خروجی GAMESS [فقط‌خواندنی]
• gamess — خروجی GAMESS [فقط‌خواندنی]
• gamin — ورودی GAMESS
• gamout — خروجی GAMESS [فقط‌خواندنی]
• gau — ورودی Gaussian [فقط‌نوشتنی]
• gjc — ورودی Gaussian [فقط‌نوشتنی]
• gjf — ورودی Gaussian [فقط‌نوشتنی]
• got — قالب GULP [فقط‌خواندنی]
• gpr — قالب Ghemical
• gr96 — قالب GROMOS96 [فقط‌نوشتنی]
• gro — قالب GRO
• gukin — ورودی GAMESS-UK
• gukout — خروجی GAMESS-UK
• gzmat — ورودی ماتریس زد Gaussian
• hin — قالب HyperChem HIN
• HISTORY — قالب DL-POLY HISTORY [فقط‌خواندنی]
• inchi — قالب InChI
• inchikey — کلید InChIKey [فقط‌نوشتنی]
• inp — ورودی GAMESS
• ins — قالب ShelX [فقط‌خواندنی]
• jin — قالب ورودی Jaguar
• jout — قالب خروجی Jaguar [فقط‌خواندنی]
• k — مقایسه مولکول‌ها با استفاده از InChI [فقط‌نوشتنی]
• lmpdat — قالب داده‌های LAMMPS [فقط‌نوشتنی]
• log — قالب عمومی فایل خروجی [فقط‌خواندنی]
• lpmd — قالب LPMD
• mae — قالب Maestro
• maegz — قالب Maestro
• mcdl — قالب MCDL
• mcif — اطلاعات بلورنگاری درشت‌مولکولی (mmCIF)
• MDFF — قالب MDFF
• mdl — قالب MDL MOL
• ml2 — قالب Sybyl Mol2
• mmcif — اطلاعات بلورنگاری درشت‌مولکولی (mmCIF)
• mmd — قالب MacroModel
• mmod — قالب MacroModel
• mna — همسایگی‌های چندسطحی اتم‌ها (MNA) [فقط‌نوشتنی]
• mol — قالب MDL MOL
• mol2 — قالب Sybyl Mol2
• mold — قالب Molden
• molden — قالب Molden
• molf — قالب Molden
• molreport — گزارش مولکول Open Babel [فقط‌نوشتنی]
• moo — قالب خروجی MOPAC [فقط‌خواندنی]
• mop — قالب دکارتی MOPAC
• mopcrt — قالب دکارتی MOPAC
• mopin — قالب داخلی MOPAC
• mopout — قالب خروجی MOPAC [فقط‌خواندنی]
• mp — قالب ورودی Molpro [فقط‌نوشتنی]
• mpc — قالب دکارتی MOPAC
• mpd — قالب MolPrint2D [فقط‌نوشتنی]
• mpo — قالب خروجی Molpro [فقط‌خواندنی]
• mpqc — قالب خروجی MPQC [فقط‌خواندنی]
• mpqcin — قالب ورودی ساده‌شده MPQC [فقط‌نوشتنی]
• mrv — زبان نشانه‌گذاری شیمیایی (CML)
• msi — قالب MSI Cerius II مربوط به Accelrys/MSI [فقط‌خواندنی]
• msms — قالب ورودی MSMS مربوط به M.F. Sanner [فقط‌نوشتنی]
• nul — هیچ خروجی تولید نمی‌کند [فقط‌نوشتنی]
• nw — قالب ورودی NWChem [فقط‌نوشتنی]
• nwo — قالب خروجی NWChem [فقط‌خواندنی]
• orca — قالب خروجی ORCA [فقط‌خواندنی]
• orcainp — قالب ورودی ORCA [فقط‌نوشتنی]
• out — قالب عمومی فایل خروجی [فقط‌خواندنی]
• outmol — قالب مختصات DMol3
• output — قالب عمومی فایل خروجی [فقط‌خواندنی]
• paint — قالب Painter [فقط‌نوشتنی]
• pc — قالب PubChem [فقط‌خواندنی]
• pcjson — قالب PubChem JSON
• pcm — قالب PCModel
• pdb — قالب بانک داده پروتئین (PDB)
• pdbqt — قالب AutoDock PDBQT
• png — تصویر دوبعدی PNG
• pointcloud — ابر نقاط روی سطح VDW [فقط‌نوشتنی]
• pos — قالب مختصات دکارتی POS [فقط‌خواندنی]
• POSCAR — قالب VASP
• POSFF — قالب MDFF
• pov — قالب ورودی POV-Ray [فقط‌نوشتنی]
• pqr — قالب PQR
• pqs — قالب Parallel Quantum Solutions
• prep — قالب Amber Prep [فقط‌خواندنی]
• pwscf — قالب PWscf [فقط‌خواندنی]
• qcin — قالب ورودی Q-Chem [فقط‌نوشتنی]
• qcout — قالب خروجی Q-Chem [فقط‌خواندنی]
• report — قالب گزارش Open Babel [فقط‌نوشتنی]
• res — قالب ShelX [فقط‌خواندنی]
• rinchi — کلید RInChI [فقط‌نوشتنی]
• rsmi — قالب واکنش‌های SMILES
• rxn — قالب MDL RXN
• sd — قالب MDL MOL
• sdf — قالب MDL MOL
• siesta — قالب SIESTA [فقط‌خواندنی]
• smi — قالب SMILES
• smiles — قالب SMILES
• smy — قالب SMILES با تحلیل‌گر Smiley [فقط‌خواندنی]
• stl — قالب چاپ سه‌بعدی STL [فقط‌نوشتنی]
• svg — تصویر دوبعدی SVG [فقط‌نوشتنی]
• sy2 — قالب Sybyl Mol2
• t41 — قالب ADF TAPE41 [فقط‌خواندنی]
• tdd — قالب Thermo
• text — خواندن و نوشتن متن خام
• therm — قالب Thermo
• tmol — قالب مختصات TurboMole
• txt — قالب Title
• txyz — قالب Tinker XYZ
• unixyz — قالب UniChem XYZ
• VASP — قالب VASP
• vmol — قالب ViewMol
• wln — نمادگذاری خطی ویزوسر (WLN) [فقط‌خواندنی]
• xed — قالب XED [فقط‌نوشتنی]
• xml — قالب عمومی XML [فقط‌خواندنی]
• xsf — قالب ساختار XCrySDen [فقط‌خواندنی]
• xyz — قالب مختصات دکارتی XYZ
• yob — قالب YOB متعلق به YASARA.org
• zin — قالب ورودی ZINDO [فقط‌نوشتنی]

گزینه‌های قالب (FORMAT OPTIONS)

قالب‌های مختلف پرونده ممکن است دارای گزینه‌های قالب‌بندی اضافی باشند.

گزینه‌های مربوط به قالب ورودی با -a مشخص می‌شوند؛ مانند: -as

گزینه‌های مربوط به قالب خروجی با -x مشخص می‌شوند؛ مانند: -xn

برای کسب اطلاعات تکمیلی و مشاهده گزینه‌های هر قالب خاص، از -Hformat-type استفاده کنید؛ برای نمونه: -Hcml

محیط (ENVIRONMENT)

OB_RANDOM_SEED

دانه مقداردهی مولد اعداد شبه‌تصادفی؛ اگر تعیین نشود یا تهی باشد، از دانه تصادفی استفاده خواهد شد. این قابلیت در صورتی فعال خواهد بود که Open Babel با فلگ پیش‌پردازنده C یعنی -DOB_USE_OBRANDOMMT ساخته شده باشد (با انتشار نگارش ۴ به طور خودکار فعال خواهد شد).

مثال‌ها (EXAMPLES)

تبدیل استاندارد:

همچنین ببینید (SEE ALSO)

obenergy(1), obfit(1), obgrep(1), obminimize(1), obprop(1), obrotamer(1), obrotate(1). صفحات وب Open Babel را می‌توانید در نشانی زیر بیابید: https://openbabel.org

نویسندگان (AUTHORS)

گروهی کثیر از توسعه‌دهندگان، از جمله نگهدارندگان فعلی: Geoff Hutchison, Chris Morley, Michael Banck, و افراد بی‌شمار دیگر که با ارسال اصلاحات و الحاقات مشارکت داشته‌اند. برای مشاهده مشارکت‌کنندگان بیشتر در Open Babel، ببینید: https://openbabel.org/docs/Introduction/thanks.html

حق نشر (COPYRIGHT)

حق نشر (C) ۱۹۹۸-۲۰۰۱ متعلق به OpenEye Scientific Software, Inc.
برخی بخش‌ها دارای حق نشر (C) ۲۰۰۱-۲۰۰۷ متعلق به Geoffrey R. Hutchison

این برنامه یک نرم‌افزار آزاد است؛ شما می‌توانید آن را تحت شرایط پروانه عمومی همگانی گنو (GNU GPL) منتشرشده توسط بنیاد نرم‌افزارهای آزاد، نگارش ۲، بازتوزیع کرده یا تغییر دهید.

این برنامه به این امید توزیع شده است که سودمند باشد، اما فاقد هر گونه ضمانت است؛ حتی بدون ضمانت ضمنی قابلیت فروش یا تناسب با یک هدف مشخص. برای جزئیات بیشتر به پروانه عمومی همگانی گنو مراجعه فرمایید.