OBABEL(1)                General Commands Manual (urm)               OBABEL(1)

<?><?><?> (NAME)
     obabel - <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?> <?> <?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?>

<?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> (SYNOPSIS)
     obabel -Hhelp-options obabel [OPTIONS] [-iinput-type | -:SMILES-string]
     infile [-ooutput-type] -Ooutfile

<?><?><?><?><?><?><?> (DESCRIPTION)
     obabel <?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?>
     <?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?> <?>
     <?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?>
     <?><?><?>.

     <?><?><?><?><?> Open Babel <?><?><?><?><?><?> <?><?>
     <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?> <?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?>.
     <?><?><?><?> <?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?>
     <?><?><?><?><?><?><?> Open Babel <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?>:
     <https://openbabel.org>.

<?><?><?><?><?><?><?><?> (OPTIONS)
     <?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?>
     <?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> Open Babel <?><?><?>
     <?><?><?><?> <?><?> <?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?>
     <?><?><?><?> <?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?>.

     -:SMILES-string
           <?><?><?><?> <?><?><?><?> SMILES <?> <?><?><?><?><?><?><?> <?><?>
           <?><?> <?><?> <?><?><?> <?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?>.
           <?><?><?><?> <?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?> SMILES-string
           <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?>
           <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> (shell) <?><?><?><?><?> <?><?><?><?>.
           <?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?> <?><?> <?><?> <?><?><?><?> <?><?>
           <?><?><?><?> <?><?><?><?> <?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?>
           <?><?> <?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?>
           <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?>
           <?><?><?><?>.

     -aoptions
           <?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?>
           <?><?> <?><?><?><?>.  <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?>
           -Hformat-ID <?><?> <?><?><?><?><?><?>.

     --addtotitle
           <?><?><?><?><?><?> <?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?>.

     --addformula
           <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?> <?><?>
           <?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?>.

     -b    <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?>:
           <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> [N+]([O-])=O <?><?> N(=O)=O.

     -c    <?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?>
           <?><?><?><?> (0,0,0).

     -C    <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?>
           <?><?> <?><?><?><?> <?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?>.

     -e    <?><?><?><?><?> <?><?><?> <?><?> <?><?> <?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?>.

     -d    <?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>.

     ---errorlevel n
           <?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?> <?><?><?><?><?> <?>
           <?><?><?><?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>:
                  1 = <?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?>
           (critical)
                  2 = <?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?><?><?>
           (<?><?><?><?><?><?><?>)
                  3 = <?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>
                  4 = <?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?>
           <?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?>
           (audit log)
                  5 = <?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> (debugging)

     -f #  <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?> # <?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?>.

     -F    <?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> (fingerprint)
           <?><?><?><?><?><?><?>.

     -h    <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>.

     -H    <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?>
           <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?>.

     -Hformat-ID
           <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?>
           <?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?><?><?><?>.

     -Hall
           <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?>
           <?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?><?><?>.

     -iformat-ID
           <?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?> <?><?>
           <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?>.

     -j, --join
           <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?>.

     -k    <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?>
           (<?><?><?><?><?> GAMESS <?> Gaussian).

     -m    <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?>
           <?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?>:
                 -   <?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> --
                     <?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?><?>
                     <?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?>
                     <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?>.
                 -   <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?> (batch) --
                     <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?>
                     <?><?><?><?><?> <?><?> <?><?> <?><?><?><?>
                     <?><?><?><?><?> <?><?><?><?>.

     -l #  <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?> # <?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?>.

     -oformat-ID
           <?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?> <?><?>
           <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?>.

     -Ooutfile
           <?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?>.

     -p    <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?> pH (<?><?><?><?><?><?><?>
           <?><?> <?><?><?><?><?><?><?> <?><?> phmodel.txt).

     --property
           <?><?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?>
           <?><?><?><?><?> (<?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?>
           <?><?><?><?> MDL SD).

     -s SMARTS
           <?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>
           <?><?> <?><?> <?><?><?><?><?> SMARTS <?><?><?><?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?>.

     --separate
           <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?>
           <?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?>.

     -t    <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?> <?><?><?><?><?>.

     --title title
           <?><?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?><?>.

     -xoptions
           <?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?>
           <?><?> <?><?><?><?>.  <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?> -H format-ID <?><?>
           <?><?><?><?><?><?>.

     -v SMARTS
           <?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>
           <?><?> <?><?> <?><?><?><?><?> SMARTS <?><?><?><?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?>.

     -V    <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?> <?><?><?><?>.

     -z    <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?>
           <?><?><?><?><?><?><?> <?><?> gzip.

<?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?> (FILE FORMATS)
     <?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?> <?><?> <?><?><?> <?><?><?><?>
     <?><?><?><?> Open Babel <?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?>:
           abinit -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> ABINIT
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           acesin -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> ACES
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           acesout -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> ACES
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           acr -- <?><?><?><?> ACR [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           adf -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> ADF
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           adfband -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> ADF Band
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           adfdftb -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> ADF DFTB
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           adfout -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> ADF
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           alc -- <?><?><?><?> Alchemy
           aoforce -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> Turbomole AOFORCE
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           arc -- <?><?><?><?> CAR <?><?><?><?><?> <?><?> Accelrys/MSI
           Biosym/Insight II [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           ascii -- <?><?><?><?> ASCII [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           axsf -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> XCrySDen
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           bgf -- <?><?><?><?> MSI BGF
           box -- <?><?><?><?> Dock 3.5 Box
           bs -- <?><?><?><?> Ball and Stick
           c09out -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> Crystal 09
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           c3d1 -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> Chem3D 1
           c3d2 -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> Chem3D 2
           cac -- <?><?><?><?> CAChe MolStruct
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           caccrt -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> Cacao
           cache -- <?><?><?><?> CAChe MolStruct
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           cacint -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> Cacao
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           can -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?> SMILES
           car -- <?><?><?><?> CAR <?><?><?><?><?> <?><?> Accelrys/MSI
           Biosym/Insight II [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           castep -- <?><?><?><?> CASTEP [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           ccc -- <?><?><?><?> CCC [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           cdjson -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?>
           ChemDoodle JSON
           cdx -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> ChemDraw
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           cdxml -- <?><?><?><?> ChemDraw CDXML
           cht -- <?><?><?><?> Chemtool [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           cif -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?><?><?><?><?> (CIF)
           cjson -- <?><?><?><?> JSON <?><?><?><?><?><?><?>
           ck -- <?><?><?><?> ChemKin
           cml -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?><?><?> (CML)
           cmlr -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?> CML
           cof -- <?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?> Culgi
           com -- <?><?><?><?><?> Gaussian [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           confabreport -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> Confab
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           CONFIG -- <?><?><?><?> DL-POLY CONFIG
           CONTCAR -- <?><?><?><?> VASP
           CONTFF -- <?><?><?><?> MDFF
           copy -- <?><?><?> <?><?><?> <?><?><?>
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           crk2d -- <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> Chemical Resource
           Kit
           crk3d -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?> Chemical Resource Kit
           csr -- <?><?><?><?> CSR <?><?><?><?><?> <?><?> Accelrys/MSI Quanta
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           cssr -- <?><?><?><?> CSD CSSR [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           ct -- <?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> ChemDraw
           cub -- <?><?><?><?> <?><?><?><?> Gaussian
           cube -- <?><?><?><?> <?><?><?><?> Gaussian
           dallog -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> DALTON
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           dalmol -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> DALTON
           dat -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?>
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           dmol -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> DMol3
           dx -- <?><?><?><?> <?><?><?><?> OpenDX <?><?><?><?> APBS
           ent -- <?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?>
           (PDB)
           exyz -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> XYZ
           fa -- <?><?><?><?> FASTA
           fasta -- <?><?><?><?> FASTA
           fch -- <?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> Gaussian
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           fchk -- <?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> Gaussian
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           fck -- <?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> Gaussian
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           feat -- <?><?><?><?> Feature
           fh -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?> Fenske-Hall
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           fhiaims -- <?><?><?><?> FHIaims XYZ
           fix -- <?><?><?><?> SMILES FIX [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           fps -- <?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?> FPS
           (<?><?><?><?><?>) [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           fpt -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?> (Fingerprint)
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           fract -- <?><?><?><?> <?><?><?> <?><?><?> <?><?><?><?> (Free Form
           Fractional)
           fs -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?> (Fastsearch)
           fsa -- <?><?><?><?> FASTA
           g03 -- <?><?><?><?><?> Gaussian [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           g09 -- <?><?><?><?><?> Gaussian [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           g16 -- <?><?><?><?><?> Gaussian [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           g92 -- <?><?><?><?><?> Gaussian [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           g94 -- <?><?><?><?><?> Gaussian [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           g98 -- <?><?><?><?><?> Gaussian [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           gal -- <?><?><?><?><?> Gaussian [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           gam -- <?><?><?><?><?> GAMESS [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           gamess -- <?><?><?><?><?> GAMESS
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           gamin -- <?><?><?><?><?> GAMESS
           gamout -- <?><?><?><?><?> GAMESS
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           gau -- <?><?><?><?><?> Gaussian [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           gjc -- <?><?><?><?><?> Gaussian [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           gjf -- <?><?><?><?><?> Gaussian [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           got -- <?><?><?><?> GULP [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           gpr -- <?><?><?><?> Ghemical
           gr96 -- <?><?><?><?> GROMOS96 [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           gro -- <?><?><?><?> GRO
           gukin -- <?><?><?><?><?> GAMESS-UK
           gukout -- <?><?><?><?><?> GAMESS-UK
           gzmat -- <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?> Gaussian
           hin -- <?><?><?><?> HyperChem HIN
           HISTORY -- <?><?><?><?> DL-POLY HISTORY
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           inchi -- <?><?><?><?> InChI
           inchikey -- <?><?><?><?> InChIKey [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           inp -- <?><?><?><?><?> GAMESS
           ins -- <?><?><?><?> ShelX [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           jin -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> Jaguar
           jout -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> Jaguar
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           k -- <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?>
           <?><?><?><?><?><?><?> <?><?> InChI [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           lmpdat -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?> LAMMPS
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           log -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?>
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           lpmd -- <?><?><?><?> LPMD
           mae -- <?><?><?><?> Maestro
           maegz -- <?><?><?><?> Maestro
           mcdl -- <?><?><?><?> MCDL
           mcif -- <?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> (mmCIF)
           MDFF -- <?><?><?><?> MDFF
           mdl -- <?><?><?><?> MDL MOL
           ml2 -- <?><?><?><?> Sybyl Mol2
           mmcif -- <?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> (mmCIF)
           mmd -- <?><?><?><?> MacroModel
           mmod -- <?><?><?><?> MacroModel
           mna -- <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?><?> (MNA) [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           mol -- <?><?><?><?> MDL MOL
           mol2 -- <?><?><?><?> Sybyl Mol2
           mold -- <?><?><?><?> Molden
           molden -- <?><?><?><?> Molden
           molf -- <?><?><?><?> Molden
           molreport -- <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> Open Babel
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           moo -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> MOPAC
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           mop -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> MOPAC
           mopcrt -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> MOPAC
           mopin -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> MOPAC
           mopout -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> MOPAC
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           mp -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> Molpro
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           mpc -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> MOPAC
           mpd -- <?><?><?><?> MolPrint2D [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           mpo -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> Molpro
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           mpqc -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> MPQC
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           mpqcin -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?>
           MPQC [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           mrv -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?><?><?> (CML)
           msi -- <?><?><?><?> MSI Cerius II <?><?><?><?><?> <?><?>
           Accelrys/MSI [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           msms -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> MSMS <?><?><?><?><?> <?><?>
           M.F. Sanner [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           nul -- <?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?><?><?> [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           nw -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> NWChem
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           nwo -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> NWChem
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           orca -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> ORCA
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           orcainp -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> ORCA
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           out -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?>
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           outmol -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> DMol3
           output -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?>
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           paint -- <?><?><?><?> Painter [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           pc -- <?><?><?><?> PubChem [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           pcjson -- <?><?><?><?> PubChem JSON
           pcm -- <?><?><?><?> PCModel
           pdb -- <?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?>
           (PDB)
           pdbqt -- <?><?><?><?> AutoDock PDBQT
           png -- <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> PNG
           pointcloud -- <?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?> <?><?><?> VDW
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           pos -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> POS
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           POSCAR -- <?><?><?><?> VASP
           POSFF -- <?><?><?><?> MDFF
           pov -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> POV-Ray
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           pqr -- <?><?><?><?> PQR
           pqs -- <?><?><?><?> Parallel Quantum Solutions
           prep -- <?><?><?><?> Amber Prep [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           pwscf -- <?><?><?><?> PWscf [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           qcin -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> Q-Chem
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           qcout -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> Q-Chem
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           report -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> Open Babel
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           res -- <?><?><?><?> ShelX [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           rinchi -- <?><?><?><?> RInChI [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           rsmi -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?> SMILES
           rxn -- <?><?><?><?> MDL RXN
           sd -- <?><?><?><?> MDL MOL
           sdf -- <?><?><?><?> MDL MOL
           siesta -- <?><?><?><?> SIESTA [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           smi -- <?><?><?><?> SMILES
           smiles -- <?><?><?><?> SMILES
           smy -- <?><?><?><?> SMILES <?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?> Smiley
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           stl -- <?><?><?><?> <?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?> STL
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           svg -- <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> SVG
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           sy2 -- <?><?><?><?> Sybyl Mol2
           t41 -- <?><?><?><?> ADF TAPE41 [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           tdd -- <?><?><?><?> Thermo
           text -- <?><?><?><?><?><?> <?> <?><?><?><?><?> <?><?><?> <?><?><?>
           therm -- <?><?><?><?> Thermo
           tmol -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> TurboMole
           txt -- <?><?><?><?> Title
           txyz -- <?><?><?><?> Tinker XYZ
           unixyz -- <?><?><?><?> UniChem XYZ
           VASP -- <?><?><?><?> VASP
           vmol -- <?><?><?><?> ViewMol
           wln -- <?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?> <?><?><?><?><?><?>
           (WLN) [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           xed -- <?><?><?><?> XED [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           xml -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> XML
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           xsf -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> XCrySDen
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]
           xyz -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> XYZ
           yob -- <?><?><?><?> YOB <?><?><?><?><?> <?><?> YASARA.org
           zin -- <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> ZINDO
           [<?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>]

<?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?> (FORMAT OPTIONS)
     <?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?>
     <?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?>.

     <?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?> <?><?> -a <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?>: -as

     <?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?> <?><?> -x <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?>: -xn

     <?><?><?><?> <?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?>
     <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?>
     <?><?><?><?> <?><?> -Hformat-type <?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?> <?><?><?><?><?>: -Hcml

<?><?><?><?> (ENVIRONMENT)
     OB_RANDOM_SEED
           <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?> <?><?><?><?><?>
           <?><?><?><?> <?><?> <?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?>.
           <?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?>
           <?><?><?><?><?> <?><?><?> <?><?> Open Babel <?><?> <?><?><?>
           <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> C <?><?><?><?>
           -DOB_USE_OBRANDOMMT <?><?><?><?><?> <?><?><?> <?><?><?><?> (<?><?>
           <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?> <?><?> <?><?><?>
           <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?>).

<?><?><?><?><?><?><?> (EXAMPLES)
     <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?>:
           obabel ethanol.xyz -Oethanol.pdb
     <?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?> SMI <?><?> STDIN <?><?> <?><?>
     <?><?><?><?> Mol2 <?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?> STDOUT:
           obabel -ismi -omol2
     <?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?>
     new1.smi<?> new2.smi <?> <?><?><?><?>:
           obabel infile.mol -Onew.smi -m

<?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> (SEE ALSO)
     obenergy(1), obfit(1), obgrep(1), obminimize(1), obprop(1), obrotamer(1),
     obrotate(1).  <?><?><?><?><?> <?><?> Open Babel <?><?>
     <?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?>: <https://openbabel.org>

<?><?><?><?><?><?><?><?><?> (AUTHORS)
     <?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?>
     <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?>: Geoff Hutchison, Chris
     Morley, Michael Banck, <?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?> <?><?> <?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?> <?>
     <?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?>.
     <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?> Open
     Babel<?> <?><?><?><?><?><?>:
     <https://openbabel.org/docs/Introduction/thanks.html>

<?><?> <?><?><?> (COPYRIGHT)
     <?><?> <?><?><?> (C) <?><?><?><?>-<?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?>
     OpenEye Scientific Software, Inc.
     <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?> (C)
     <?><?><?><?>-<?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?> Geoffrey R. Hutchison

     <?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?> <?><?>
     <?><?> <?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?> <?><?><?> (GNU GPL) <?><?><?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?> <?><?><?><?>.

     <?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?> <?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?> <?><?><?> <?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?> <?><?><?> <?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?> <?><?><?><?> <?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?>
     <?><?> <?><?> <?><?><?> <?><?><?><?>. <?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?> <?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?>
     <?><?><?><?><?><?> <?><?><?> <?><?><?><?><?><?> <?><?><?><?><?><?><?>.

Open Babel 3.2                   May 26, 2026                   Open Babel 3.2