نام (NAME)

obprobe — ایجاد شبکه کاوشگر الکترواستاتیک

خلاصه دستور (SYNOPSIS)

obprobe [OPTIONS] type pchg filename

توضیحات (DESCRIPTION)

ابزار obprobe یک شبکه پیرامون یک مولکول ایجاد می‌کند و در هر نقطه یک اتم کاوشگر (probe) با نوع اتم و بار جزئی مشخص قرار می‌دهد تا انرژی MMFF94 را محاسبه کند. از این ابزار می‌توان در آزمایش‌های داکینگ برای سنجش تمایل پیوند هیدروژنی، پتانسیل الکترواستاتیک و موارد دیگر استفاده کرد. خروجی با استفاده از قالب Gaussian Cube به خروجی استاندارد فرستاده می‌شود.

گزینه‌ها (OPTIONS)

اگر نام فایلی مشخص نشود، obprobe تمام گزینه‌ها از جمله کاوشگرهای نمونه را نمایش می‌دهد.

-s stepsize: تنظیم وضوح شبکه (اندازه گام یا stepsize)
-p padding: تنظیم فاصله حاشیه (padding) — فاصله اضافی در هر طرف جعبه تشکیل‌شده توسط مولکول.
type: نوع اتم MMFF94
pchg: بار جزئی MMFF94

مثال‌ها (EXAMPLES)

کاوش فایل pyridines.sdf با استفاده از اکسیژن کربونیل — یک پذیرنده پیوند هیدروژنی با بار جزئی -0.57:

obprobe 7 -0.57
  pyridines.sdf

کاوش فایل pyridines.sdf با استفاده از یک اتم کربن فنیل — یک اتم آب‌گریز بدون بار جزئی:

obprobe 37 0.0
  pyridines.sdf

همچنین ببینید (SEE ALSO)

obabel(1).

صفحات وب Open Babel را می‌توان در نشانی زیر یافت: https://openbabel.org

نویسندگان (AUTHORS)

برنامه obprobe توسط Tim Vandermeersch ارائه شده است.

پروژه Open Babel توسط افراد بسیاری توسعه یافته است، از جمله نگه‌دارندگان کنونی Geoff Hutchison, Chris Morley, Michael Banck, و افراد بی‌شمار دیگری که در اصلاح و افزودن قابلیت‌ها مشارکت داشته‌اند. برای مشاهده مشارکت‌کنندگان بیشتر در Open Babel، ببینید: https://openbabel.org/docs/Introduction/thanks.html

کپی‌رایت و تکثیر (COPYRIGHT)

این برنامه یک نرم‌افزار آزاد است؛ شما می‌توانید آن را تحت شرایط پروانه عمومی همگانی گنو (GNU GPL) که توسط بنیاد نرم‌افزارهای آزاد منتشر شده است (نسخه ۲ پروانه)، بازتوزیع کرده و/یا تغییر دهید.

این برنامه به این امید توزیع شده است که مفید باشد، اما بدون هرگونه ضمانت؛ حتی بدون ضمانت ضمنی قابلیت فروش یا مناسب بودن برای یک هدف خاص. برای جزئیات بیشتر به پروانه عمومی همگانی گنو مراجعه کنید.